El transporte marítimo forma una parte esencial en la economía de once de los doce países del Mediterráneo y tienen a la Unión Europea como socio principal, especialmente la región del Magreb. Con 58 puertos importantes en los que se cargan o descargan mercancías, el volumen alcanzó en 2000 los 487 millones de toneladas, lo que supuso un incremento del 12,8% respecto a 1998. La mayoría de los países de la zona experimentaron un importante crecimiento en sus índices especialmente Malta (16%) y Turquía (11%), aunque otros como el Líbano sufrieron un retroceso (-5,5%). En cuanto al transporte de pasajeros se limita prácticamente a Egipto, la región del Magreb y Turquía, aunque esta industria está ganando cada vez más importancia en toda la zona y no sólo en destinos como los recién confirmados Malta y Chipre que entrarán a forma parte de la Unión en mayo de 2004.