Las partidas presupuestarias para I+D y educación enfrentan las postura del Consejo y del Parlamento Europeo. Los eurodiputados han aprobado en procedimiento de codecisión y en primera lectura los presupuestos comunitarios para 2006 con un aumento en estos gastos, a fin de mejorar la competitividad y en contra de la posición de los líderes, que desean recortarlos. El Pleno también ha chocado con la opinión del Consejo en lo relativo a las ayudas para los países afectados por desastres naturales y por el aumento de los fondos para la reestructuración social y económica de la UE. 462 diputados han votado a favor, 74 en contra y ha habido 36 abstenciones.