Los programas PHARE no están bien gestionados. Parte de las ayudas que ofrecen no llegan a ser utilizadas nunca, y algunas otras se producen demasiado tarde. Las subvenciones se conceden sin estrategias claras, y los proyectos no son evaluados al finalizar, por lo que es imposible saber si han servido para algo. En ocasiones, los únicos beneficiarios de los fondos son las agencias consultoras de la UE, que reciben mucho dinero a cambio de informes sin conclusiones concretas.